担心范佩西会因伤错过欧洲杯，但随后温格澄清是保险起见，不想让范佩西冒险错过欧洲杯。
2008-2009赛季范佩西伤病较少的一个赛季，10月29日阿森纳对阵热刺的北伦敦德比中，范佩西打进了他在阿森纳的第五十个进球。2008年11月8日阿森纳一比二负于斯托克城的比赛里，急躁的范佩西在球队落后的时候恶意肘击对方门将索伦森，被直接红牌罚下。赛后索伦森承认当时他是在故意引诱挑衅范佩西的，范佩西为不冷静付出代价。不过在停赛复出后，范佩西在对阵切尔西和利物浦的比赛中表现出色，包办了本队的三个进球。
他在阿森纳客场挑战切尔西的比赛里独中两元，使得当时处在困境中的阿森纳在客场二比一逆转击败了切尔西;而在阿森纳主场对利物浦的比赛里，范佩西接到纳斯里的后场长传后，在难度极大的情况下依然能卸下球、左脚控球带过了卡拉格和阿格、而后右脚大力射门得分，范佩西这一套动作一气呵成仅用了四秒钟时间，而这个精彩的范佩西式的进球后来被评为当月英超最佳进球。除此之外范佩西在欧冠中也表现优异，在欧冠淘汰赛对阵罗马和比利亚雷尔的比赛中，范佩西也都有进球。在这个赛季里范佩西展现出极其全能的素质，四十四次出场是他加盟阿森纳以来出场最多的一个赛季，他不但在各项比赛里打进了二十球，此外还有十五次助攻。
2009年夏天范佩西和阿森纳续约到了2013年，续约之后范佩西表示自己绝对忠于阿森纳，不愿像阿德巴约等人那样另谋高就。
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