激战了数个月的南京城终于重归和平，内外城各城门皆被打开，不再限制百姓出城进城。每道城门皆车水马龙，车辆百姓川流不息。
大量的物质运入城中，城郊的百姓担着干柴菜蔬入城贩卖。秦淮河畔的三山门最为繁忙，大量的船只在秦淮河中停泊，排队等着从水门进入内城。
秦淮河中的沉船已经被打牢出来，搁浅的三艘海船也被数百纤夫拉回了长江，从长江经秦淮河进入内城的道路现在畅通无阻。
而要说最忙碌的还是外城，先前征调的数万乡勇并未解散，而是在江南总督府的命令下，正在清理外城。
先前的战斗中，反贼在外城修筑了太多的街垒营堡，整个外城所有街道都被街垒封锁，不拆掉这些街垒，别说城外的物质运不进来，便是百姓们的出行也会受到影响。
修筑街垒拆掉了太多百姓的房屋，因此有数以万计的百姓失去了房屋，一个多月的战事，因为寒冷而冻死的百姓便有数千之多，大街上拉运尸体的车辆接连不断。
撤掉街垒，帮助百姓重新修建房屋，这便是乡勇还有农兵们正在做的事情。
朱由检已经下旨，南京战事已经结束，从此以后不允许一个南京百姓冻死饿死，无偿帮助百姓修整房屋，施粥赈济吃不上饭的贫民。此举令整个南京城的百姓感恩戴德，皆呼皇帝仁慈。很多百姓主动加入清理重建家园的行列。
善待百姓，这是朱由检魂游四百年最大收获。得人心者得天下，只要能得到天下百姓爱戴，不用担心一切阻碍！
当然，朱由检的仁慈不是针对所有人，对那些投降反贼的士绅，对那些开城放反贼入城的勋贵文官武将，朱由检的态度比严冬还要寒冷！
整个外城全部收复，禁卫军彻底控制了内外城城防，逃跑的袁崇焕一行被李定国俘虏抓回，而被袁崇焕抛弃的文官勋贵更是无路可逃，除了少数人自知走到绝路为了免除屈辱选择了自尽，其他勋贵文官如傅振尚、熊明遇、张拱日等皆被俘虏。
南京刑部大牢，应天府、上元、江宁二县的牢房，全部被塞得满满的，关满了这些昔日的士绅权贵。
皇帝行宫，朱由检也多次举行朝议，商议如何处置这些人。最终的决定是从严从速！
经过了锦衣卫连夜审讯，询问出了大量口供，凡是和反贼有牵涉之人，只要没逃出南京城，全部被抓。南京城内二十多家勋贵，牵涉进逆案的多达十八家之多，只有怀远侯常延龄寥寥数家勋贵，坚决拒绝投降反贼，其他几个勋贵战死，怀远侯常延龄当时奉命守卫外城观音门，杀掉了劝降的反贼使者，带领部下死守观音门，等到了洪承畴从内城派兵支援。外城诸多城门中，唯有城北位于江边的观音门还在朝廷军队控制中，使得援军得以从观音门进入南京城，常延龄功劳不小。
南京六部官员，几乎都牵涉到逆案之中，从南京六部到应天府，四品以上官员全部被抓，罪名皆是从逆，其中也许有冤枉者，但没人会在乎。
至于南京城内的士绅，以钱谦益为首，更是大部分选择从逆，很多士绅被袁崇焕纳入幕府，或者充任各级官员，派往各府县任职。对这些被派出的士绅，等到各府收复，谁也跑不了。而还留在南京城中的士绅，则全部被抓捕，由锦衣卫审其罪行。
“袁崇焕，身为江西巡抚，深受国恩，却做出附逆之事，南京之所以出现此乱，皆由此人而起。臣以为当从重处置，判以腰斩之刑！”袁可立建议道。
抓捕的人太多，审讯处置工作太过繁杂，锦衣卫指挥同知刘文炳抓人言行逼供还行，让他给罪犯定罪却是为难了他，朱由检便给袁可立加左都御史衔，让他总责此事
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