二十万人齐卸甲，接下来就是招降纳叛工作，非常的繁杂。
对于主动投降的八大总兵们，朱由检并没有太难为他们，只是解了他们的兵权，以培训学习的名义把他们和其他游击将军以上军官悉数送到南京去上军校高级班。这帮人若是在培训学习中表现良好的话，还会有带兵的机会，否则以后只能挂个闲置养老，再想带兵是不可能得了。
叛军将领们都被送走了，剩下的都是大头兵和低级军官，这些人大部分都是农民或渔民出身，也有一部分世袭军户。对他们的处理就简单了许多。只需要发放一笔钱粮遣返回乡就行了。
他们回乡后可以种田，可以打鱼，也可以做工，江西是鱼米之乡，工商业非常发达，只要肯吃苦总能找到一条活路。再加上很快就会在江西均田，哪怕是最贫困的农民将来也有有自己的田地，好好干活吃饱饭还是问题不大。而这也是很多俘虏所向往的，他们早就想离开军中回乡了，当初进入军队大部分都是被强迫的。
不过也不能就这么轻易放回他们，需要利用这段时间对他们做些什么。
做什么？自然是进行思想教育了，进行必要的思想教育，然后再放他们归乡，这样将来会省下很多事。
于是，洪承畴下令，对这二十万俘虏按照所在县乡重新整编，每个县整编为一个营，每个乡下整编为一个队。每个营派一个宣抚官任营正，每个队派一个监军为队长。
禁卫军中足足派出了两千多人参与整编，导致原本监军宣抚数量大大减少。为此，朱由检又下令从禁卫军中重新选拔了一批识字的士兵做监军，从随军的吏考生中抽调一批进入军中担任宣抚官。
接下来的半个月时间，监军和宣抚官们会对这些俘虏进行严格的思想教育，教授他们认字，讲述忠君爱国以及人人平等的道理，同时宣讲皇帝均田免赋的政策。在进行思想教育的同时，也会从这些俘虏中挑选人才。毕竟是二十余万人，哪怕大部分都是大字不识的愚昧农民，其中必然也有英雄豪杰。
挑选身强力壮武艺精悍者进入军队，挑选头脑灵活者进行培养，以后可以在地方政府做事，等等。
在二十万大军投降的第二天，消息从南昌传来，南昌文武举城投降，陈永福的军队已经控制了城池，静待朱由检进城。
留下洪承畴在鄱阳湖整顿军队，朱由检在李定国部的保护下向着南昌而去，于次日进入了南昌城中。
在陈永福的带领下，伪朝廷大学士解学龙、吴兆元等南昌官员迎接与城门外。
“罪民朱由崧拜见陛下。”朱由崧赤着上身，跪在城门外，满脸羞愧的向朱由检请罪。
看着这个和自己血脉最近的宗藩，看着眼前这个肥的和猪一样的家伙，朱由检神色复杂。
太祖高皇帝啊，你看看你一手制定的优容国策养了一帮什么样的混蛋后裔！
“就你这样的也敢和朕争夺皇位吗？”朱由检骑在马上，用马鞭点着朱由崧后背冷声问道。
“罪民不敢，都是陆鹏袁崇焕那些人欺骗罪民，罪民才上了他们的当。”朱由崧跪在地上哆嗦道。
“他们欺骗你，你是傻子吗？还不是你对朕一直不满，才有了谋逆的心思。”朱由检冷笑道。
当初自己以莫须有的罪名抄了福王府，把朱由崧关进了凤阳大牢，想必从那开始朱由崧就对自己怀恨在心了。
“罪民不敢，不敢啊。”朱由崧只顾得哆嗦了。
“哼!”朱由崧冷哼一声，打马进入了南昌城，没有再理会这厮。
至于朱由崧的罪，以后自然由宗人府和三司朝堂定罪，用不着朱由检多费心思。不过以谋逆大罪，又制造了如此大的战乱，这厮必然是死定了。
对于解学龙、吴兆元、周应期等
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